济宁市卫生健康综合执法支队成立于2019年5月，由济宁市卫生局卫生监督所和济宁市计划生育工作抽样调查队整合而成，2019年12月，济宁市卫生健康综合执法支队正式揭牌运行，市支队为副处级公益一类事业单位。